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萌えアニメ（も-）とは魅力的なキャラクターによって主に視聴者の萌えを刺激するようなアニメを指す。

ただし、「萌え」そのもの内容自体が千差万別なので、この用語の意味する処は使用者の主観に依拠している。よって、この用語の定義は極めて曖昧である。 「萌え」は主として微細な要素に求められることが多い。それは、登場人物の容姿（メガネ、メイド服など）や人格設定（天然など）であったり、自己を投影する主人公との人間関係（「ツンデレ」など）であったりする。そのため、「萌えアニメ」は魅力的なキャラクター作りや共感しやすいエピソードが重視され、物語のバランスやリアリティなどはあまり重要視されない。

萌えの発祥には諸説あります。

セーラームーン・土萠ほたる説

漫画・アニメ『美少女戦士セーラームーン』（武内直子作）のキャラクター「土萠（ともえ）ほたる」を語源とする説。「土萠ほたるに燃え燃え」が転じて「土萠ほたるに萌え萌え」などとなり、それが後に「○○萌え」と一般化されて普及していったとする。

または、土萠ほたるは、ファンの間では「ともえー」という愛称で呼ばれており（？）、これが「もえー」に転じたとする。